办公室。负责综合和反映市直机关党建工作情况;检查贯彻市委、市政府重大部署、重要会议精神落实情况;负责市直机关工委重要决定、决议的督办、检查、落实和协调工作;提出市直机关党建规划、年度工作计划和工作总结;负责综合治理、脱贫攻坚等中心工作;负责本委绩效考核、机构编制、人事、财务和行政后勤工作;负责文秘、会务、接待、档案和文印管理工作;负责本委工会、妇女、离退休干部和关心下一代工作。
组织部。负责统筹协调市直机关党建督查工作，承担市直机关各级党组织、党员领导干部落实党建责任制、遵守政治纪律和政治规矩情况的督查工作。负责党建工作考核，承担对市直各部门党组（党委）和各级党组织落实机关党建重点工作、重要制度情况的督查工作。负责先进基层党组织、优秀共产党员和优秀党务干部的表彰、推介工作;督促指导市直机关党组织按期换届，承担关于召开党员大会或党员代表大会请示的报批工作，机关党组织和机关纪委领导班子组成及书记、副书记任免的报批工作。承担参与领导干部民主生活会督促检查和指导有关工作。承担有关党的代表大会和党代表会议代表的推选和报批工作；督促市直机关各级党组织做好工会、共青团、妇联等群团组织党的群众工作和统一战线工作。
宣传部。负责市直机关党的思想政治建设和宣传教育工作;服务本委中心组理论学习;指导市直机关党员开展理论学习，做好情况的了解、交流与通报工作;结合中心工作和党建工作中的新情况、新问题，开展调查研究;及时反映市直机关党员的思想动态;指导市直机关开展精神文明建设活动，协调指导市直机关意识形态领域工作;协调开展文明城市创建工作;协助有关部门协调市直机关做好维护稳定工作。
基层组织建设指导部。负责市直机关基层组织建设，提出加强改进工作的意见建议。对党政机关、人民团体、事业单位、企业等各类基层党组织分类指导，落实"三会一课"等党内生活制度，提升支部组织力。研究、指导党员发展、教育和管理工作，做好流动党员管理、党组织关系转移、党费管理工作;指导下级党的机关工委工作。
按有关规定设置中共益阳市直属机关纪检监察工作委员会，为市纪委市监委的派出机构，在市纪委市监委、市直机关工委双重领导下开展工作，按规定权限对市直机关行使纪律检查和监察调查职责。
机关后勤服务全额拨款事业编制1名（后勤服务人员只出不进，编制空一减一）。
市直机关党校（市直机关党员电化教育站）为市直机关工委所属正科级公益一类事业单位，其机构编制事项维持不变。